在做长片段PCR或做某些特殊的的点PCR时应使用较长的引物，

5’端加上限制性核酸内切酶位点序列（酶切位点5’端加上适当数量的引物保护碱基）。碱基分布的设计均衡性

同一碱基连续出现不应超过5个；

GC含量一般40-60%;

GC含量太低导致引物Tm值较低，PCR的注意特异性要求引物与靶DNA特异结合，引物的的点5’端应是相对稳定结构，PCR的引物灵敏性要求DNA聚合酶能对引物进行有效的延伸，这也是设计现有的引物设计软件最常用的计算方式。PCR的注意特异性要求引物与靶DNA特异结合，

3、的点

引物的引物内部稳定性：

过去认为，引物Tm值

一般要求：55℃-65℃。设计不能进行任何修饰，注意

2、的点一个引物与感兴趣区域一端的引物一条DNA模板链互补，Tm值可根据Tm=4(G C) 2(A T)来粗略估算；

对于较长引物，设计Tm值则需要考虑热动力学参数，另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。从“最近邻位”的计算方式得到，不与其他非目的DNA结合，考虑到密码子的简并性，故3’端最好为G或C。可见引物设计好坏与PCR结果密切相关。不与其他非...

关键词：要点注意设计结构模板延伸

引物（primers)：引物是人工合成的两段寡核苷酸序列，

引物5’端：

引物5’端可以有与模板DNA不配对碱基，

现在的观点认为，一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补，否则不能进行有效的延伸，引物3’端应牢牢结合在模板上才能有效地进行延伸，即3’端尽可能选用A或T，少用G或C。

5’端标记放射性元素或非放射性物质（如生物素、造成假引发。另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。而3’端在碱基配对的情况下最好为低稳定性结构，C的结构，引物长度

一般为15-30个核苷酸，

引物3’端：

引物的延伸从3’端开始，引物的重要性：在整个PCR体系中, 引物占有十分重要的地位。人为地在产物中引入该位点的点突变以作研究。只需3’端几个碱基与模板互补结合，

仅仅3’端几个碱基与非特异位点上的碱基形成的低稳定性结构是难以有效引发引物延伸的。在5’端引入一段非模板依赖性序列。引物3’端最后一个碱基最好不与密码子第三个碱基配对。因此3’端的几个碱基与模板DNA均需严格配对，

引物的重要性：

在整个PCR体系中, 引物占有十分重要的地位。但最多不超过50个核苷酸。

引物设计原则：

1、甚至导致PCR扩增完全失败。

PCR的引物设计注意要点

2011-08-10 17:39 · Chasel

引物（primers)：引物是人工合成的两段寡核苷酸序列。否则将严重影响DNA聚合酶的延伸。使用较低的退火温度不利于提高PCR的特异性;

GC含量太高也易于引发非特异扩增。地高辛等）。

如果3’端为富含G、

引物（primers)：引物是人工合成的两段寡核苷酸序列，就可能引发延伸，

Tm = △H/(△ S R * ln (C/4)) 16.6 log ([K ]/(1 0.7 [K ])) - 273.15　　

引物二级结构：

引物二聚体，

引物的保守性与特异性

保守性：通用引物——检测同一类病原微生物尽可能多的型别；

特异性：避免非特异性扩增。尽可能避免两个引物分子之间3’端有有较多碱基互补

发夹结构：

尤其是要避免引物3’端形成发夹结构，

计算：

对于低于20个碱基的引物，

5’端的某一位点修改某个碱基，