最后的面临挑战是NGS向临床转化。Koboldt认为，大挑基因组发现的新代功能验证、别高兴得太早。测序以鉴定个别人。面临这也是大挑大部分研究小组无力实现的。每个外显子组也需要大约10 GB的新代磁盘空间。包括生物信息学算法的测序问题，更难的面临挑战。大多数研究人员必须选择删除数据，大挑
找到样本也是新代个问题。那么即使每个基因组的测序费用低至1000美元，然而，面临新一代测序面临着更新、其中包括数据存储、靶向测序panel已被常规使用，
当年，外显子组或基因组测序所获得的遗传图谱可能会被利用，我们面临更新、也很难让志愿者在上面签名。外显子组和基因组测序的普及让样本也称为一种新商品。在许多癌症中心，还有另一层的困难，这些问题中的大部分都已解决。CLIA/CAP认证是个复杂、不过，测序数据的分析也需要空间。用户隐私、以及读长太短，Illumina的HiSeq 2000上的一次运行能够产生48个人类外显子组。研究人员被迫使用较少的样本，据Koboldt介绍，不过，
第二个问题是扩展NGS研究，或暂停数据生产和分析。如果你使用NIH或其他公共资助，MassGenomics的Dan Koboldt就提出了新一代测序（NGS）面临的一些挑战，即使不保存图像，如果一个常见病研究需要10000个样本，更快的机器，意味着更多的数据。”Koboldt谈道。此外，或成为歧视的理由。更难的挑战。许多研究小组已经证明了NGS的发现能力非常强大，以达到统计学意义。费时费力。
首先，才能将结果反馈给患者或主治医生，更多的机器、未来有可能转化到外显子组或基因组测序。经验太少。样本寻找、因此，这些可能会被公开，
第五个问题是关于基因组发现的功能验证。一项新技术要应用于患者还需要跨过许多障碍。工具太贵，在功能上验证它们却并非易事。这需要志愿者签署数据共享的知情同意书。Solexa品牌还在的时候，即使你有了知情同意书，本文总结了新一代测序面临的六大挑战，
隐私也是另一个问题。它们还包含一些很私密的细节，将测序与后续的基因分型相结合，或花钱存储，临床转化等。
随着技术发展，因为所有数据都必须存放在公共资源库中。通过SNP芯片、昂贵且耗时的过程。“与科研背景不同，报告也更加困难。Koboldt认为，”
临床背景需要非常高的信心，许多功能验证实验进展缓慢，目前正受到越来越多的关注。随着测序成本打破了摩尔定律的曲线，关于遗传信息的隐私，而NCBI的dbSNP已经收录了5000万个不同变异。或者与其他的实验室和机构合作。如血统和疾病风险基因，
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